Het stellen van de diagnose is lastig. Je arts onderzoekt je bloed en kijkt daarbij naar de aanwezigheid van de antistoffen, ‘antifosfolipiden’.  Dat onderzoek doet je arts twee keer, met een pauze van ongeveer twaalf weken. De aanwezigheid van antifosfolipiden moet namelijk twee keer worden aangetoond om de diagnose te kunnen stellen. De pauze van twaalf weken is belangrijk, omdat je lichaam bij een infectie door virussen of bacteriën ook tijdelijk antifosfolipiden vormt. Bij 1-5% van de algehele bevolking komen ook antifosfolipiden voor zonder klachten.  

Je arts zoekt naar antifosfolipiden wanneer er aanwijzingen zijn dat je APS zou kunnen hebben. Aanwijzingen zijn bijvoorbeeld:

• Herhaalde (onverklaarbare) tromboses.
• Problemen door trombose en/of problemen (complicaties) bij de zwangerschap. Soms gaat dit samen met een systemische auto-immuunziekte zoals SLE.
• Onverklaarbare longembolie, een infarct of onverklaarbare complicaties bij zwangerschap.

Meestal wordt de diagnose dus pas gesteld als zich iets ernstigs heeft voorgedaan.